Quando nota un errore di accoppiamento, infatti, il suo percorso si blocca e procede a ritroso finché non trova una coppia di nucleotidi correttamente appaiati e da qui riprende il suo lavoro. Questa autocorrezione viene chiamata proofreading.
Esistono anche altri metodi che utilizzano proteine per individuare il punto di DNA duplicato non corretto.
Oltre alla riparazione diretta (dove l'enzima riparatore identifica l'intruso e lo elimina), molte volte al DNA conviene eliminare la parte di codice sbagliata e sostituirla. Per fare ciò spesso utilizza il NER, ovvero la riparazione per escissione dei nucleotidi. In pratica, viene tagliato il tratto in cui sono presenti nucleotidi non correttamente disposti e il filamento che rimane non accoppiato funge da stampo per il nuovo segmento.
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